Using \\ to separate paragraphs is incorrect.
Either use an explicit \par or an empty/blank line:

\documentclass{article}
\begin{document}
\section{A section}
Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit.
Suspendisse suscipit ipsum sed sem varius, quis scelerisque
quam lacinia. In hac habitasse platea dictumst. Phasellus vel
lorem quis nulla consectetur iaculis eu ut ex. Curabitur vitae
feugiat mi. Aliquam rutrum et justo vitae semper. In vel aliquam
magna. Donec magna sem, ultrices nec nisl vel, accumsan euismod sapien.\\
Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit.
Suspendisse suscipit ipsum sed sem varius, quis scelerisque
quam lacinia. In hac habitasse platea dictumst. Phasellus vel
lorem quis nulla consectetur iaculis eu ut ex. Curabitur vitae
feugiat mi. Aliquam rutrum et justo vitae semper. In vel aliquam
magna. Donec magna sem, ultrices nec nisl vel, accumsan euismod sapien.
\section{A section}
Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit.
Suspendisse suscipit ipsum sed sem varius, quis scelerisque
quam lacinia. In hac habitasse platea dictumst. Phasellus vel
lorem quis nulla consectetur iaculis eu ut ex. Curabitur vitae
feugiat mi. Aliquam rutrum et justo vitae semper. In vel aliquam
magna. Donec magna sem, ultrices nec nisl vel, accumsan euismod sapien.\par
Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit.
Suspendisse suscipit ipsum sed sem varius, quis scelerisque
quam lacinia. In hac habitasse platea dictumst. Phasellus vel
lorem quis nulla consectetur iaculis eu ut ex. Curabitur vitae
feugiat mi. Aliquam rutrum et justo vitae semper. In vel aliquam
magna. Donec magna sem, ultrices nec nisl vel, accumsan euismod sapien.
\section{A section}
Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit.
Suspendisse suscipit ipsum sed sem varius, quis scelerisque
quam lacinia. In hac habitasse platea dictumst. Phasellus vel
lorem quis nulla consectetur iaculis eu ut ex. Curabitur vitae
feugiat mi. Aliquam rutrum et justo vitae semper. In vel aliquam
magna. Donec magna sem, ultrices nec nisl vel, accumsan euismod sapien.
Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit.
Suspendisse suscipit ipsum sed sem varius, quis scelerisque
quam lacinia. In hac habitasse platea dictumst. Phasellus vel
lorem quis nulla consectetur iaculis eu ut ex. Curabitur vitae
feugiat mi. Aliquam rutrum et justo vitae semper. In vel aliquam
magna. Donec magna sem, ultrices nec nisl vel, accumsan euismod sapien.
\end{document}
If you wish the first paragraph after a section to be indented as well, then you can force it with a \hspace*{\parindent} or use the indentfirst package. See No indent in the first paragraph in a section?.
\parand when\\) and thus the next "paragraph" won't be indented. you should use either\paror a blank line to end one paragraph and start a new one. – barbara beeton Sep 30 '14 at 17:28