When I compile the pdf file, even though I have the font set to 12pt it is bigger. I leave here my full preamble:
\documentclass[a4paper,12pt,twoside]{report}
\usepackage[catalan]{babel}
\addto\captionscatalan{\renewcommand*{\bibname}{Fonts d'informaci\'o}}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{amsfonts}
\usepackage{amssymb}
\usepackage[nottoc]{tocbibind}
\usepackage{graphicx}
\usepackage[left=2.5cm,right=2cm,top=2cm,bottom=2cm]{geometry}
\usepackage{fancyvrb}
\usepackage{color}
\usepackage{float}
\usepackage{verbatim}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage{setspace}
\usepackage{parskip}
\parskip=2mm
\makeindex
\begin{document}
\tableofcontents
\newpage
\subsection{Hibridació d'orbitals}
\subsubsection{Orbitals híbrids sp$^3$}
La configuració electrònica del carboni, en el seu estat fonamental\footnote{Estat d'energia més baix possible d'un sistema quàntic, com per exemple d'un àtom o d'un electró.}, és 1s$^2$ 2s$^2$ 2p$_x^{\ 1}$ 2p$_y^{\ 1}$.
L'àtom pot utilitzar els dos electrons dels orbitals p per formar dos enllaços covalents. Per exemple, si realitza dos enllaços amb dos àtoms d'hidrogen, s'obté una molècula de metilè, una molècula molt inestable perquè el carboni només conté sis electrons a la seva capa de valència.
El carboni també pot enllaçar amb quatre àtoms a través de l'excitació\footnote{Transferència d'un electró a un estat més energètic, mitjançant la recepció d'energia d'un fotó o d'un altre electró excitat.} d'un electró de l'orbital 2s cap a l'orbital 2p que estava buit. Així s'obté aquesta configuració electrònica: 1s$^2$ 2s$^1$ 2p$_x^{\ 1}$ 2p$_y^{\ 1}$ 2p$_z^{\ 1}$, que posseeix quatre electrons desaparellats que poden formar enllaços covalents. La formació de quatre enllaços és afavorida des del punt de vista energètic, ja que l'energia alliberada per la formació de quatre enllaços enlloc de dos és més elevada que l'energia necessària per obtenir l'estat excitat de l'electró i a més el carboni enllaçat a quatre àtoms és estable estructuralment\footnote{Estructura d'octet, amb vuit electrons a la capa de valència, és a dir, la capa plena.}.
Totes les molècules tendeixen a assolir l'estat d'energia més baix i, en el cas de molècules formades pel carboni enllaçat de manera covalent a quatre radicals, aquest s'obté si els quatre enllaços són equivalents, és a dir, si estan formats pel mateix tipus d'orbital. Aquests quatre orbitals equivalents s'obtenen mitjançant la hibridació de l'orbital 2s i els orbitals 2p, en orbitals híbrids sp$^3$. Els orbitals híbrids són els orbitals que s'obtenen quan es combinen diferents tipus d'orbitals per donar lloc a orbitals nous, amb nivells d'energia i formes noves.
\end{document}
The document doesn't have anything that could change the font, it's just text, with some mathematical formulas and graphics.
I use MikTeX, TeXmaker and pdfLaTeX. Is this something to configure in the interface? My friend uses the same and she has it correctly: the font displays as 12pt (comparing it with other text editors).
This is what my log says about fonts:
<C:/Program Files/MiKTeX 2.9/fonts/type1/public/amsfonts/cm/cmbsy10.pfb>
<C:/Program Files/MiKTeX2.9/fonts/type1/public/amsfonts/cm/cmbx12.pfb>
<C:/Program Files/MiKTeX 2.9/fonts/type1/public/amsfonts/cm/cmmi12.pfb>
<C:/Program Files/MiKTeX 2.9/fonts/type1/public/amsfonts/cm/cmr10.pfb>
<C:/Program Files/MiKTeX 2.9/fonts/type1/public/amsfonts/cm/cmr12.pfb>
<C:/Program Files/MiKTeX 2.9/fonts/type1/public/amsfonts/cm/cmr17.pfb>
<C:/Program Files/MiKTeX 2.9/fonts/type1/public/amsfonts/cm/cmr7.pfb>
<C:/Program Files/MiKTeX 2.9/fonts/type1/public/amsfonts/cm/cmr8.pfb>
<C:/Program Files/MiKTeX 2.9/fonts/type1/public/amsfonts/cm/cmsy10.pfb>
<C:/Program Files/MiKTeX 2.9/fonts/type1/public/amsfonts/cm/cmti10.pfb>
<C:/Program Files/MiKTeX2.9/fonts/type1/public/amsfonts/cm/cmti12.pfb>


\documentclass{...}, the required\usepackage's,\begin{document}, and\end{document}. That may seem tedious to you, but think of the extra work it represents for TeX.SX users willing to give you a hand. Help them help you: remove that one hurdle between you and a solution to your problem. Why do you think the font is larger than 12pt? (Rather than, say, your friend's being smaller, for example.) – cfr Oct 03 '14 at 19:29\showthe\fontbefore\end{document}, I get\OT1/cmr/m/n/12which means a 12pt font as requested. You should add\usepackage[T1]{fontenc}, but it's another matter. – egreg Oct 03 '14 at 20:00